Учёные Брянской ГСХА проводят исследования по направлениям, тесно и непосредственно связанным с профилями подготовки специалистов:

• разработка концепции экономического развития, организационных моделей и систем управления АПК в условиях изменения производственных отношений;
• совершенствование систем земледелия, технологии производства и сортового состава сельскохозяйственных культур в юго-западной части России;
• мониторинг агроэкосистем, загрязнённых выбросами Чернобыльской АЭС, и разработка предложений по оперативной корректировке технологий ведения сельскохозяйственного производства;
• совершенствование систем селекции, разведения, кормления, профилактики, диагностики и лечения сельскохозяйственных животных и птицы в условиях юго-запада России;
• разработка ресурсо- и энергосберегающих технологических процессов производства сельскохозяйственной продукции, технического обслуживания и ремонта сельхозтехники;
• разработка и совершенствование элементов системы обучения, обеспечивающих интенсификацию и повышение качества учебного процесса при подготовке и повышении квалификации специалистов с высшим образованием.

   В рамках вышеперечисленных программ выполняются научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы по заказу Российского фонда фундаментальных исследований, Минсельхоза РФ, МЧС РФ, администрации и комитета по сельскому хозяйству Брянской области.

   Основные научные исследования Брянской ГСХА координируются или проводятся совместно с НИИ Российской академии наук и Российской академии сельскохозяйственных наук, Российской академией естественных наук, Московской сельскохозяйственной академией имени К.А. Тимирязева и ведущими университетами страны.

   В Брянской ГСХА функционируют следующие научные школы и направления:

• «Разработка новых и совершенствование существующих элементов системы экологического воспитания и образования, обеспечивающих интенсификацию и повышение качества учебного процесса при подготовке специалистов АПК и повышении их квалификации» (руководители-профессора Ващекин Е.П., Просянников Е.В., Андросов Г.К., Мальцев В.Ф., Ториков В.Е.);
• «Разработка адаптивных, энергосберегающих технологий возделывания полевых сельскохозяйственных культур для производства экологически чистой продукции в юго-западной части Нечерноземной зоны РФ» (руководители-профессора Мальцев В.Ф., Ториков В.Е., Косьянчук В.П.);
• «Оптимизация полевого кормопроизводства для Юго-Западного региона Центральной России»
• «Радиационное почвоведение», «Мониторинг почв, экосистем, ландшафтов юго-запада России, загрязнённых выбросами Чернобыльской АЭС, научное обоснование системы мер для их реабилитации» и «Теория и технология безопасного использования почв в условиях хронического дефицита основных биогенных элементов в земледелии» (руководитель-профессор Просянников Е.В.);
• «Селеция плодово-ягодных культур» (руководитель-профессор Казаков И.В.);
• «Размножение ремонтантной малины и земляники через культуру ткани» (руководители-профессора Казаков И.В., Заякин В.В.);
• «Совершенствование бухгалтерского учёта и финансовых взаимоотношений в сельском хозяйстве» (руководитель-профессор Кирейцев Г.Г.);
• «Исследование морфофункциональных закономерностей роста и развития организма животных под влиянием возрастного и некоторых экологических факторов» (руководители-профессора Ващекин Е.П., Ткачёв А.А.);
• «Усовершенствование существующих и разработка новых рецептов комбикормов, премиксов, кормовых добавок и препаратов на основе биологически активных веществ различной природы, повышающих использование питательных веществ кормов, продуктивности животных и птицы» (руководитель-профессор Гамко Л.Н.);
• «Разработка энергосберегающих технологий и оборудования в растениеводстве и животноводстве» (руководители-профессора Воронин В.А., Ермичев В.А. и другие);

   За последние годы на НТС разного уровня рассмотрено и рекомендовано к внедрению более 60 научных разработок.

   Членом-корреспондентом РАСХН, профессором Казаковым И.В. с сотрудниками создано 18 сортов малины, 9 сортов земляники и 16 гибридов этих ягодных культур. Все они известны в России и за её пределами.

   В содружестве с учёными смежных областей создан сорт озимой тритикале «Курская степная» (доцент Шпилёв Н.С.). Доцент Моисеенко И.Я. передал сорт сои «Брянская 11» в госсортоиспытание.

   Для профилактики лечения дисбактериозов цыплят доцентом Бовкун Г.Ф. создан лечебный препарат «Бифинорм», который повышает естественную резистентность и сохранность организма.

   Заслуженный деятель науки России, профессор Мальцев В.Ф. с научными сотрудниками разработал технологии возделывания следующих сельскохозяйственных культур с ограниченным применением средств химизации: ячменя, овса, кукурузы на силос и стержнезерновую смесь.

   Профессором Косьянчуком В.П. с коллегами разработана технология возделывания картофеля в юго-западной части Нечернозёмной зоны России.

   Профессором Просянниковым Е.В. с аспирантами разработаны технологии: адаптивного использования естественных пойменных кормовых угодий, загрязнённых радиоактивными веществами; вермикультивирования и вермикомпостирования в условиях Брянской области.

   Работает диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по экологии, почвоведению, селекции и семеноводству, растениеводству.

   За последние 5 лет учёные Брянской ГСХА получили 36 патентов, защитили 14 докторских и 63 кандидатские диссертации.

   Издательством Брянской ГСХА за последние три года издавалось в среднем в год 4,4 монографии в расчёте на 100 человек профессорско-преподавательского состава с учёными степенями и званиями. По данным научно-информационного центра государственной аккредитации по этому показателю Брянская ГСХА занимает 3-е место (из 102) в группе академий страны.

   Учёными академии разработаны и изданы книги «Система земледелия Брянской области», «Система животноводства Брянской области», коллективная 3-томная монография «Омнигенная экология», «Формирование аграрного рынка в центре Европейской части России», «Энергетическое и протеиновое питание свиней при выращивании и откорме», «Агроэкологические основы ресурсосберегающих технологий возделывания сельскохозяйственных культур в Брянской области», «Совершенствование средств механизации сельскохозяйственного производства в России», «Экология и природопользование Брянской области», «Информатизационно-консультационная служба в сельском хозяйстве зарубежных стран и России», «Биологизация земледелия юго-запада России», а также другие научные и научно-производственные издания, в которых обобщены результаты многолетних исследований и даны рекомендации производству.

   При Брянской ГСХА функционирует Брянский региональный научный центр ноосферных технологий Российской академии естественных наук (РАЕН), который координирует и интегрирует научно-исследовательскую и опытно-конструкторскую работу учёных юго-запада России.

   Брянская ГСХА принимает активное участие в проведении научных конференций, симпозиумов, семинаров. В последние годы проведены: Международная научно-практическая конференция «Актуальные проблемы экологии на рубеже третьего тысячелетия и пути их решения», Всероссийская научно-практическая конференция «Молодые учёные возрождению сельского хозяйства России в XXI веке», Международный семинар по агрорадиоэкологии, Всероссийское совещание селекционеров плодово-ягодных культур, Межрегиональная методическая конференция «Совершенствование экологического воспитания и образования в аграрном вузе», Межрегиональная выставка и научная конференция «Наука и практика» и др.

   В научно-исследовательской работе активно участвуют аспиранты и студенты. Лучшие из них выступают с докладами на научных конференциях и направляют свои работы на Всероссийские конкурсы. Наиболее активно работающие аспиранты и студенты удостоены стипендий Президента и Правительства РФ. По итогам открытого конкурса на лучшую научную работу по естественным наукам в вузах России в 1999 году студент Мамаев В.В. был награждён медалью Минобразования России «За лучшую научную студенческую работу».