В 1999 году в Брянской государственной сельскохозяйственной академии был произведен первый набор студентов по специальности 110302 – Электрификация и автоматизация сельского хозяйства. В связи с этим в составе факультета инженеров АПК и природообустройства была образована кафедра электрификации и автоматизации сельского хозяйства под руководством Лаптева Валерия Александровича.
Первые годы обучения по данной специальности показали ее необходимость и востребованность выпускников на предприятиях АПК. Поэтому 29 декабря 2006 года был создан факультет энергетики и природопользования в результате переформирования факультета инженеров АПК и природообустройства во исполнение решения Ученого совета ФГОУ ВПО "Брянская ГСХА" от 20.12.2006 года (протокол №3) "О создании нового факультета в академии" путем передачи на вновь образованный факультет энергетики и природопользования следующих основных образовательных программ:

110302 - Электрификация и автоматизация сельского хозяйства;

280301 - Инженерные системы сельскохозяйственного водоснабжения, обводнения и водоотведения;

280401 - Мелиорация, рекультивация и охрана земель;

280302 - Комплексное использование и охрана водных ресурсов.

Деканом факультета стал к.т.н. профессор Лаптев В.А.
В состав факультета вошли кафедры:
- Систем энергообеспечения, зав. кафедрой д.т.н., профессор Маркарянц Л.М.
- Электротехнологий, зав. кафедрой к.т.н., доцент Безик В.А.
- Информатики, зав. кафедрой к.т.н., доцент Безик Д.А.
- Высшей математики и физики, к.т.н., доцент Яковенко Н.И.
- Природообустройства и водопользования, д.т.н., профессор Василенков В.Ф.

С 2009 по 2013 г. зав. кафедрой Высшей математики и физики был д.т.н., профессор Погонышев В.А., с 2013 г. к.т.н., доцент Панкова Е.А.. С 2013 г. зав. кафедрой Природообустройства и водопользования стала к.т.н., доцент Демина О.Н.
На факультете были созданы лаборатории:
- Светотехники и электротехнологий,
- Автоматизированного электропривода,
- Электрических машин,
- Монтажа электрооборудования и средств автоматизации,
- Электроники,
- АСУ ТП,
- Эксплуатации электрооборудования,
- Теоретических основ электротехники,
- Систем автоматизированного проектирования,
- Электроснабжения.

В 2011 г. осуществлен набор по направлению 220700 – Автоматика и управление (курирует кафедра информатики).

С 2012 г. осуществлен набор по направлению 140400 – Электроэнергетика и электротехника по профилям "Электроснабжение", "Электрооборудование предприятий, организаций и учреждений", "Электрооборудование автомобилей и тракторов". И набор по направлению 120700 Землеустройство и кадастры.

С 2013 г. деканом факультета стал к.т.н., доцент Капошко Д.А.

В 2014 году прошла реорганизация кафедр факультета.

В 2015 году аккредитовано направление подготовки 220700 Автоматизация технологических процессов и производств.

С 1 сентября 2016 года факультет переименован в институт энергетики и природопользования. В ведение института передана заочная форма обучения по соответствующим направлениям подготовки,

С 1 сентября 2016 года реорганизована кафедры систем энергообеспечения и электрооборудования и автоматики под общим названием кафедра электроэнергетики и автоматики.

С 1 сентября 2016 года в структуру института включена кафедра философии, истории и педагогики.