С открытием в 1980 году Брянского сельскохозяйственного института был организован агрозооинженерный факультет. деканом которого стал Путинцев Николай Иванович, кандидат сельскохозяйственных наук, доцент (август 1980  года – август 1981 года).

В 1980 году на факультете была одна кафедра, объединяющая все дисциплины, изучаемые студентами 1 курса.

В августе 1981 года зооинженерный факультет был организован в виде самостоятельного учебного структурного подразделения института, деканом которого был Ткачев Анатолий Алексеевич, кандидат ветеринарных наук, доцент, а с 1985 года – доктор ветеринарных наук, профессор, Заслуженный работник высшей школы РФ, Почётный профессор Брянской ГСХА (20.07.1981-20.08.1995 гг) и одновременно руководил кафедрой морфологии и физиологии сельскохозяйственных животных. Вместе с организацией зооинженерного факультета были сформированы: кафедра морфологии и физиологии сельскохозяйственных животных; кафедра кормления, разведения и генетики сельскохозяйственных животных; а кафедра общего животноводства была преобразована в кафедру частной зоотехнии. В 1983 году была образована кафедра ветеринарных дисциплин.

В последующие четыре года факультет возглавлял профессор Нуриев Геннадий Газизович, кандидат сельскохозяйственных наук (август 1998 года – март 1999 года). В 1998 году на факультете была начата подготовка студентов по специальности Ветеринария, а зооинженерный факультет был переименован в факультет ветеринарной медицины и зоотехнии.

С марта 1999 года деканом факультета был профессор Гамко Леонид Никифорович, доктор сельскохозяйственных наук (март 1999 года - январь 2007 года), Заслуженный деятель науки РФ, академик РАЕН, Почётный профессор Брянской ГСХА, ныне Брянский ГАУ, заведующий кафедрой кормления, разведения и генетики сельскохозяйственных животных.

С января 2007 года по сентябрь 2012 года факультет ветеринарной медицины и зоотехнии, с сентября 2012 года по сентябрь 2014 года факультет ветеринарной медицины и биотехнологии, с сентября 2014 года институт ветеринарной медицины и биотехнологии, а с февраля 2025 года институт ветеринарной медицины и зоотехнии возглавляет Малявко Иван Васильевич, кандидат биологических наук, доцент, Почетный работник высшего профессионального образования РФ, Почётный работник агропромышленного комплекса РФ, академик Международной академии наук экологии и безопасности жизнедеятельности.

С 2010 года ведется подготовка по направлению подготовки магистратура 36.04.02 Зоотехния профиль Кормопроизводство, кормление животных и технология кормов.

С 2012 года ведется подготовка по направлению 19.03.03 Продукты питания животного происхождения профиль Технология мяса и мясных продуктов, факультет ветерианрной медицины и зоотехнии был переименован в факультет ветеринарной медицины и биотехнологии.

Факультет ветеринарной медицины и биотехнологии Брянского государственного аграрного университета в соответствии с решением Учёного совета от 18 сентября 2014 года протокол №1 переименован в институт ветеринарной медицины и биотехнологии и утвержден приказом ректора №101 от 29.09.2014 года, учредительными, регистрационными документами и лицензиями является учебно-научным структурным подразделением Университета.

Институт ветеринарной медицины и биотехнологии Брянского государственного аграрного университета в соответствии с решением Учёного совета от 07 ноября 2024 года протокол №3 переименован в институт ветеринарной медицины и зоотехнии и утвержден приказом ректора №17 от 10.02.2025 года, учредительными, регистрационными документами и лицензиями является учебно-научным структурным подразделением Университета.

С 2019 года по ФГОС 3++ - по специальности 36.05.01 Ветеринария (специалитет), по направлениям подготовки 36.03.02 Зоотехния (бакалавриат), 36.04.02 Зоотехния (магистратура), 19.03.03 Продукты питания животного происхождения (бакалавриат).

В настоящее время в состав института входят следующие структурные подразделения: кафедра нормальной и патологической морфологии и физиологии животных; кафедра кормления животных, частной зоотехнии и переработки продуктов животноводства; кафедра терапии, хирургии, ветакушерства и фармакологии; кафедра эпизоотологии, микробиологии, паразитологии и ветеринарно-санитарной экспертизы; кафедра физической культуры и спорта; учебная ветеринарная клиника, в том числе ветеринарная аптека; учебная конюшня и физиологический двор; конно-спортивная секция; учебно-научная лаборатория по профилактике, диагностике заболеваний и современным методам лечения животных; учебно-научная лаборатория по анализу кормов, молока и тканей.

Заведуют кафедрами и руководят структурными подразделениями в институте:

- Минченко Виктор Николаевич, доцент, кандидат биологических наук – заведует кафедрой нормальной и патологической морфологии и физиологии животных - выпускник зооинженерного факультета Брянского СХИ 1988 года и выпускник ФГОУ ВПО Брянской ГСХА 2009 года;

- Симонов Юрий Иванович, кандидат ветеринарных наук, доцент - заведует кафедрой терапии, хирургии, ветеринарного акушерства и фармакологии, заведующий учебной ветеринарной клиникой (по совместительству с февраля 2017 года), заведующий учебно-научной лабораторией по профилактике, диагностике заболеваний и современным методам лечения животных;

- Черненок Василий Васильевич, кандидат ветеринарных наук, доцент – заведует кафедрой эпизоотологии, микробиологии, паразитологии и ветеринарно-санитарной экспертизы, куратор специальности 36.05.01 Ветеринария – выпускник факультета ветеринарной медицины и зоотехнии ФГОУ ВПО Брянской ГСХА 2003 года;

- Менякина Анна Георгиевна, доктор сельскохозяйственных наук, профессор – заведует кафедрой кормления животных, частной зоотехнии и переработки продуктов животноводства с сентября 2022 года - выпускница зооинженерного факультета Брянской государственной сельскохозяйственной академии 1999 года;

- Петраков Михаил Александрович, кандидат педагогических наук, доцент – заведует кафедрой физической культуры и спорта - выпускник зооинженерного факультета Брянского СХИ 1988 года;

- Лобырев Сергей Стефанович – заведует учебной спортивной конюшней и физиологическим двором - выпускник зооинженерного факультета Брянского СХИ 1986 года;

- Цыганков Евгений Михайловна, кандидат биологических наук – ведущий аналитик  учебно-научной лаборатории анализа кормов, молока и тканей - выпускник факультета ветеринарной медицины и биотехнологии (ФГБОУ ВО Брянский ГАУ, 2015 года).

На кафедрах института теоретическую и практическую подготовку студентов по вышеуказанным направлениям осуществляет высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав, из которых 8 – профессоров, в том числе: 3 доктора биологических наук, доктор ветеринарных наук, 4 доктора сельскохозяйственных наук; 24 кандидата наук, из них 20 доцентов, в том числе: 6 кандидатов ветеринарных наук, 13 кандидатов биологических наук, 4 кандидата сельскохозяйственных наук, 1 кандидат педагогических наук; 4 старших преподавателя, 1 ассистент, 1 сотрудник вспомогательного персонала. 50% преподавательского состава – это выпускники института.

Кафедры и учебная ветеринарная клиника оснащены современными приборами и оборудованием (рентген-аппарат, УЗИ-прибор, кардиографы, гематологический анализатор, малый и большой хирургические наборы, малый и большой патолого-анатомический набор и т.д.), позволяющих быстро и качественно проводить обследование животных, получать объективную информацию о состоянии здоровья животных.

Институт ветеринарной медицины и биотехнологии располагает прекрасной учебной базой общей площадью 9200 м². Учебные занятия проводятся в учебных и учебно-клинических корпусах, расположенных на территории Университета. Лабораторно-практические занятия студентов проводятся на физиологическом дворе и учебной спортивной конюшне Университета, ООО Агрофирма  «Культура» Брянского района, площадках АПХ «Мираторг» и «Охотно», Карачевском и Переторгском свинокомплексах ООО «Брянский мясоперерабатывающий комбинат» агрохолдинга «Царь-мясо» и других учреждениях, в которых содержатся крупный рогатый скот, овцы, свиньи и лабораторные животные: кролики и сельскохозяйственная птица.

В институте параллельно с основными направлениями подготовки можно получить и дополнительные рабочие профессии по 19 специальностям, в том числе: санитар ве- теринарный, животновод, птицевод, пчеловод, тренер лошадей, охотник промысловый и др.

Учебные и производственные практики студенты проходят в структурных учреждениях Управления ветеринарии Брянской области (ГБУ БО «гор (рай) ветстанциях»),  АО «Куриное царство»  Брянский филиал, ООО «Брянский мясоперерабатывающий комбинат», АО «Брянский мясокомбинат», площадки по выращиванию крупного рогатого скота АПХ «Мираторг», ООО «Брянская мясная компания» АПХ «Мираторг», ООО «Брянский бройлер» АПХ «Мираторг», ООО «Агрофирма «Культура» Брянского района, племзаводах ООО «Красный Октябрь» Стародубского района, колхоз «Прогресс» Клинцовского района, ООО «Новый путь» Брянского района, СПК «Зимницкий» Дубровского района, племрепродукторах ООО «Нива» Брянского района агрохолдинга «Охотно», «Память Ленина» и ООО «Русское молоко» Стародубского района, АО «Железнодорожник» Карачевского района, ТнВ «Успех» Унечского района, ООО «Брянскзооветснаб», Брянский филиал ФГБУ ВНИИЗЖ и др.

Институт делегирует в сборные команды Университета юношей и девушек по волейболу, футболу, баскетболу, волейболу, гиревому спорту, дартсу и др. видам спорта. Студенты института принимают активное участие в художественной самодеятельности института и Университета.

Студенты института проживают в благоустроенном 9-ти этажном общежитии секционного типа, в которых имеется душ, умывальник, места общего пользования, 2 комнаты для проживания 3 студентов (18 м²) и 2-х студентов (12 м²). На каждом этаже расположено: 6 секций, имеется кухня, спортивная комната.

Студенты института ветеринарной медицины и биотехнологии активно участвуют в научно-исследовательской работе, выступают с докладами на студенческих научных конференциях. Участвуют в международных, республиканских, межрегиональных студенческих олимпиадах. В институте функционирует аспирантура. Для поступления в аспирантуру рекомендуются студенты, окончившие учебные заведение с отличием по специальности и после магистратуры, и проявившие склонность к научно-исследовательской работе.

По окончанию полного курса обучения студенты получают диплом о высшем образовании с присвоением квалификации – бакалавр, магистр, ветеринарный врач и имеют право работать в должностях ветеринарных врачей, заведующих ветеринарными участками или ветеринарными лечебницами, в таможенной службе и правоохранительных органах, зоотехниками-селекционерами, главными зоотехниками, технологами по производству и переработке продуктов животноводства, руководителями СХПК (КФХ, СПК, колхозов и т.д.), управляющими молочными комплексами, заместителями директоров, директорами, главными ветеринарными врачами районов, в органах государственной и муниципальной службы и т.п.